A lei provocou descontentamento em todos aqueles que consideram que a liberação comercial de transgênicos, especialmente as liberações para o uso agrícola de sementes transgênicas deve ser precedida de análises de risco realizadas com o devido rigor. Por outro lado, a lei é omissa quanto a mecanismos para minimizar ou resolver problemas que a aplicação da engenharia genética na agricultura tem causado em diversas partes do mundo, tais como a contaminação genética, a proteção dos agricultores que optam por não plantar transgênicos, normas quanto à rastreabilidade e segregação e proteção da Biodiversidade
