La IIRSA ha sido diseñada sin considerar adecuadamente sus potenciales impactos ambientales y sociales, lo que la convierte en una amenaza latente sobre los ecosistemas y las culturas aborígenes. Considerando que la mayoría de megaproyectos se están llevando a cabo en espacios naturales, como la Amazonia, extremadamente vulnerables al cambio, el componente ambiental debe ser prioritario.