A maior ameaça à disseminação e preservação das sementes crioulas no semiárido brasileiro é a contaminação de material crioulo por sementes geneticamente modificadas. De acordo com Luciano Marçal Silveira, membro do Comitê Gestor do Projeto Agrobiodiversidade no Semiárido da Articulação Semiárido Brasileiro - ASA, a instituição “fez um monitoramento recente por meio de testes de transgenia junto à rede de casas ou bancos de sementes e, dos 900 testes realizados, quase 300 apontaram contaminação do milho crioulo”.